Le Centre s'attache à étudier l'Islam méditerranéen dans toute sa profondeur historique, interrogeant tout à la fois les modèles culturels et les modes politiques du monde arabe classique, et, avec les outils de l'anthropologie, les modes actuels d'organisation sociale et politique à l'échelle locale et globale, au Maghreb comme au Proche-Orient.

Sa définition de l'Islam méditerranéen ne le limite pas à une simple partie du monde arabe. Attentif aux spécificités du monde berbère, il vise aussi la prise en compte de la multiplicité des groupes et des formations politiques constitués dans la mouvance de l'Empire ottoman ou des empires coloniaux français ou britanniques, aux XIX^e et XX^e siècles. Les communautés juives ou chrétiennes qui ont marqué durablement cet espace sont par conséquent aussi l'objet de son attention.

Le Centre s'intéresse particulièrement à l'étude des individus et des groupes qui ont franchi et renversé les frontières, aux moments et aux lieux de métissage. Il examine aussi l'histoire de l'orientalisme (avec en projet un dictionnaire critique de l'orientalisme français), se soucie d'analyser la construction de représentations et l'élaboration de modèles, et la genèse des théorisations, au demeurant vagabondes, qui ont marqué son champ d'études.

Les chercheurs du Centre se réunissent pour discuter de leurs travaux dans le cadre d'un séminaire mensuel : « Histoire et anthropologie de l'Islam méditerranéen. Présentation et discussion des recherches en cours ».